Esta escuela es considerada la mas antigua en el sistema Bujinkan, fundada por Tozawa Hakkunsai en el siglo XII. La especialidad de esta escuela es Kosshijutsu y Shitojutsu, por esto también se la llama “la escuela de derribar al oponente con un dedo”. Esta escuela usa movimientos fuertes, circulares y rápidos, gran distancia en el combate, técnicas con muchos movimientos de agarres y proyecciones.
Fundada en el siglo XVI. Desarrollo paralelo a Gyokko Ryû, aunque su transmisión se hizo por separado. Gyokko incide más en luxaciones y lanzamientos. Las dos escuelas son complementarias. Esta escuela se destaca por aplicar las técnicas en forma directa y rápida haciendo énfasis en el Koppo jutsu (rompimiento de los huesos). Se utilizan distancias cortas y se utiliza el toki ken (pisar los pies del oponente). Koto ryu usa su propia técnica de Ken jutsu (uso de la espada) y Muto Dori (defensa con manos vacías ante atacantes armados).
Esta escuela fue organizada por Takagi Oriemon Shigenobu en el siglo XVII. Las técnicas son rápidas y directas para el combate a distancia corta y se basaban en no dejar que el oponente tenga la posibilidad de rodar y escapar. Especializada en lanzamientos y luxaciones. Los Kyusho de esta escuela se conocen como "Kirigami Yurushi" y se consideran los fundamentos básicos del estudio de puntos vitales. Principal enseñanza: Una rama es flexible pero un árbol alto se quiebra fácilmente.
Esta escuela fue organizada en el siglo XII por Genpachiro Tameyoshi. El punto esencial de esta escuela es el conocimiento sobre la manera natural de defenderse y moverse. El Taijutsu de esta escuela se basa en el Jutai jutsu (luxaciones, proyecciones y controles) y en el Dakentai justu (técnicas de golpeo). La escuela usa además de Muto Dori (defensa ante espada) también una variedad de Yari (lanzas) Ôno (hachas de combate), Ô Tsuchi (martillo de batalla) y Naginata (alabarda).
Se cree que las raíces de esta escuela están en China, fundada en el siglo XII por el mismo Izumo Kanja Yoshiteru. Escuela especializada en el combate con armadura (YOROI), también especializada en técnicas con bastón y cadenas. Los guerreros de Kukishinden Ryu solían usar Yoroi (armaduras de batalla), de ahí vienen los ataques fuertes y directos en ciertos movimientos sin armas.
El fundador fue Unryu Hangan Gikanbo en el siglo XVI. Especializada en ataques de puño y piernas a las articulaciones. Esta escuela esta compuesta por cinco niveles de aprendizaje y conocimiento, los cuales son: Shoden Gata, Chuden Gata, Okuden Gata, Kaiden Gata y Menkyo Kaiden. Con excepción del Shoden Gata, muy poco se conoce de estos niveles en Gikan Ryu Koppo justu. Entre sus técnicas, se incluyen muchas formas especiales de golpear con los pies, con los puños y proyecciones.
Escuela fundada en el siglo XII por Daisuke Nishina, quien también fue conocido como Daisuke Togakure. Esta es una de las escuelas más antiguas de Ninjutsu. Incluye varias formas de golpear, técnicas de proyecciones y luxaciones. Es conocida por sus posturas muy bajas y amplias y por sus golpes fuertes. Típica escuela de Ninjutsu, con especialidades en táctica y estrategia de combate.
Fue fundada en el siglo XVI por Heinaisaemon Ienaga Iga, quien se dice que aprendió su arte de Sarutobi Sasuke, que utilizaba un Kama-yari para saltar de un árbol a otro enganchado sobre las ramas como un mono. Similar a Togakure ryu. La mayor diferencia es que durante los combates el guerrero de Kumogakure Ryu realizaba saltos a la vez que bloqueaba los ataques de sus oponentes con antebrazos y tibias en donde llevaban refuerzos de metal en formas de planchuelas, (kote y suneate).
Se dice que el fundador fue Sasaki Goeman Teruyoshi. Esta escuela es totalmente desconocida para los occidentales, pero se sabe que estaba basada especialmente en Cho Ho (espionaje). Como una escuela totalmente dedicada a la estrategia, logística y planificación en épocas de guerra, supo mantenerse en secreto de la mamo de la familia Sasaki por 7 generaciones, es sabido que se usaban varias formas de Nage Waza (técnicas de proyecciones), estrategias de combate e infiltración a fortalezas.